ഗവർണർ പ്രവർത്തിക്കേണ്ടത് സർക്കാർ ഉപദേശത്തിന് അനുസരിച്ചെന്ന് സർക്കാർ ഹൈക്കോടതിയിൽ. ചാൻസലറും ഗവർണറും ഒരാളാണെങ്കിലും ഈ രണ്ട് അധികാരങ്ങളും വ്യത്യസ്തമാണെന്നും സർക്കാർ കോടതിയെ അറിയിച്ചു. കെ.ടി.യു കേസിൽ തങ്ങളുടെ വാദം കോടതിയിൽ ഉന്നയിക്കുകയായിരുന്നു സർക്കാർ.
ഗവർണർക്ക് ഭരണഘടനാപരമായ ഉത്തരവാദിത്വങ്ങളും അവകാശങ്ങളുമുണ്ടെന്നും എന്നാൽ അത് ചാൻസലർക്ക് അവകാശപ്പെടാൻ കഴിയില്ലെന്നും സർക്കാരിനുവേണ്ടി ഹാജരായ അഡ്വക്കേറ്റ് ജനറൽ കെ ഗോപാലകൃഷ്ണ കുറുപ്പ് കോടതിയിൽ വ്യക്തമാക്കി. സർവകലാശാലകളിൽ വൈസ് ചാൻസലർമാരെ നിയമിക്കുമ്പോൾ ചാൻസലറെന്ന അധികാരമുപയോഗിച്ചാണ് ഗവർണർ പ്രവർത്തിക്കുന്നതെന്നും അവിടെ ഗവർണർക്ക് ലഭിക്കുന്ന ഭരണഘടനാപരമായ അവകാശങ്ങൾ ലഭിക്കില്ലെന്നും അദ്ദേഹം കൂട്ടിച്ചേർത്തു.
ചാൻസലറുടെ ഉത്തരവ് ചട്ടപ്രകാരമല്ലെങ്കിൽ ചോദ്യംചെയ്യാനുള്ള നിയമപരമായ അവകാശം സർക്കാരിനുണ്ട്. ഈ അവകാശമാണ് സാങ്കേതിക സർവകലാശാല ഇടക്കാല വി.സിയായി സിസ തോമസിനെ നിയമിച്ചതിൽ സർക്കാർ ഉപയോഗിക്കുന്നത്. നിയമനം കെ.ടി.യു ചട്ടങ്ങൾക്ക് വിരുദ്ധമാണെന്നും അടിയന്തരമായി അവരെ സ്ഥാനത്തുനിന്ന് പുറത്താക്കണമെന്നും സർക്കാർ ആവശ്യപ്പെട്ടു.